باتری‌ها به عنوان یکی از مهم‌ترین اجزای سیستم‌های فتوولتاییک منفصل از شبکه بوده و طول عمر آن‌ها به شدت به رژیم بهره‌برداری آن‌ها وابسته می‌باشد و از همین روی است که شارژکنترلرها در این سیستم‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد. شارژکنترلرها برعکس آنچه که بسیاری فکر می‌کنند فقط برای کنترل Over charge باتری بوده و عکس‌العملی در برابر Deep Discharge ندارد و زمانی که بحث قطع کردن بار توسط شارژ کنترلر مطرح می‌گردد منظور باری است که به خروجی Load شارژکنترلر متصل است که این موضوع یعنی وجود خروجی باز نیز عمدتا در مورد شارژکنترلرهای کوچک وجود دارد. در حالت کلی جهت حفاظت باتری در برابر Deep Discharge، باید سیستم کنترل جداگانه‌ای را طراحی و استفاده نمود که نمونه‌های آن‌ها در بازار موجود است.